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Dans un contexte de changement global, la protection de la biodiversité et le développement de systèmes alimentaires durables apparaissent comme un impératif qui s'appuie sur des données scientifiques et sur la réalité objective des changements ou des désordres écologiques. Cette préoccupation s’exprime à travers des politiques publiques qui se traduisent entre autres par la politique européenne : " de la ferme à la table ". Il est donc essentiel de développer des filières alimentaires qui maintiennent la biodiversité et conservent un potentiel d'adaptation aux évolutions des pratiques agricoles et alimentaires. Il est donc nécessaire de mieux connaître la biodiversité et de comprendre la domestication, c'est-à-dire le processus par lequel l'homme influence l'évolution des espèces pour son propre usage. Si l'évolution des espèces végétales et animales domestiquées est bien étudiée, la domestication des microbes l'est peu, notamment en raison du défi que représente l'isolement des espèces et populations microbiennes ancestrales ou sauvages. La domestication de la levure Saccharomyces cerevisiae pour la production de bière, de vin, de fromage et de pain, du champignon Penicillium roqueforti pour la production de fromage bleu ou des champignons filamenteux Aspergillus oryzae utilisés pour la fermentation du riz et du soja sont des systèmes modèles bien étudiés. Mais en dehors de ces exemples bien connus, il existe un manque de connaissances sur la domestication d'autres genres de champignons. Par conséquent, plusieurs questions générales sur la domestication des champignons demeurent : Existe-t-il encore une diversité génétique fongique dans les produits fermentés artisanaux ? Dans quelle mesure les pratiques de fermentation ont-elles un impact sur l'évolution des populations fongiques ? A quel rythme les populations fongiques s'adaptent-elles à un changement de pratique artisanale ? Le taux d'adaptation est-il fonction de l'espèce fongique ? Comment l'interaction microbienne influence-t-elle la domestication des champignons ? IDOK vise à répondre à ces questions en ciblant deux espèces de levures non caractérisées et emblématiques du pain au levain : Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis.

Le projet s'articule autour de 5 objectifs :

• Objectif 1 - Biologie de Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis
  Evaluer la variation des traits d'histoire de vie chez deux espèces de levures non caractérisées
• Objectif 2 - Evolution et domestication de Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis
  Informer sur l'évolution de deux espèces de Kazachstania et étudier l'impact de la domestication en panification à long et court terme
• Objectif 3 - Dynamique d'adaptation de Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis
  Evaluer la vitesse d'évolution/adaptation de deux levures boulangères en réponse à un changement de type de farine (blé/seigle)
• Objectif 4 - Interaction entre Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis
  Mieux comprendre l'assemblage de la communauté microbienne dans le levain et la répartition des espèces
• Objectif 5 - Impact de Kazachstania bulderi et Kazachstania humilis sur la qualité du pain
  Evaluer le potentiel des levures non conventionnelles pour améliorer la qualité nutritionnelle et organoleptique du pain

Porteur du projet : Delphine Sicard (delphine.sicard@inrae.fr)

Projet financé par l'ANR : 2023-206