Adaptation, Diversité, Ecologie des Levures (ADEL)
L’équipe ADEL étudie l’écologie et l’évolution des levures ainsi que les bases génétiques des caractères impliquées dans la fermentation et l’adaptation des levures aux milieux de la boulangerie et de l’œnologie.
Responsables Scientifiques : Virginie Galeote & Delphine Sicard
Sur le plan fondamental, nos travaux s’articulent autour de 4 thèmes majeurs :
Base génétique des propriétés des souches et impact de la composition du milieu sur la dynamique fermentaire.
Nous recherchons des QTLs, X-QTLs, eQTLs, fQTLs qui expliquent les variations de phénotypes comme les capacités fermentaires, la durée de phase de latence, les limitations nutritionnelles notamment lipidiques, les besoins en azote, les traits d’histoire de vie (viabilité des levures, taux de croissance, …), la production d’arômes et de sulfites, la valeur sélective. Nous développons également des approches d’évolution expérimentale qui nous permettent d’identifier des gènes candidats impliqués dans ces phénotypes. Des approches d’édition des génomes sont utilisées par la suite pour valider les gènes candidats. Enfin, nous étudions les interactions génotype x environnement, par exemple l’impact des phytostérols ou de la composition en dipeptides sur l’expression des gènes d’intérêt. Ces études portent principalement sur l’espèce Saccharomyces cerevisiae. Projets : CASDAR NITROGENES, ANR ENZINVIVO, ITN AROMAGENESIS, ITN YEASTDOC, AIC IPSO Doctorant(e)s et post-doctorant(e)s : Carmen Becerra, Irene de Guidi, Marta Avramova
Histoire évolutive des levures domestiquées
Nous cherchons à retracer l’histoire évolutive des levures d’œnologie et de boulangerie à travers des approches de génomique des populations. Un intérêt particulier est aussi porté à la caractérisation des mécanismes d’adaptation (transferts horizontaux de gènes, recherche de loci sous sélection, etc…) par des approches de génomique comparative, génétique et génomique fonctionnelle. Ces études concernent à la fois l’espèce modèle Saccharomyces cerevisiae et d’autres espèces de levure présentes dans les moûts de raisin (Hanseniaspora uvarum et H. opuntia) ou dans les levains de panification (Kazachstania bulderi et K. humilis). Nous travaillons également sur les vins et pains anciens en collaboration avec des archéologues. Projets : ANR BAKERY, ANR VINICULTURE
Dynamique et évolution des communautés microbiennes
Nos projets visent à caractériser la diversité taxonomique et fonctionnelle des espèces microbiennes dans les moûts de raisin et les levains de panification, à rechercher les facteurs (terroir, cépage de vigne/variété de blé, pratiques) qui l’influencent et à analyser les flux microbiens du champ aux produits fermentés. Nos recherches s’intéressent également à la dynamique évolutive de la composition de ces communautés microbiennes et de la diversité génétique d’espèces en particulier. L’objectif est de mieux comprendre la dynamique (stabilité, résistance, résilience,…) des ferments face à des variations de pratiques et d’environnement. Projet : ANR BAKERY, ANR PEAKYEAST, FdF « Gluten : Mythe ou réalité II», MEM METABAR-FOOD Doctorant(e)s : Lauriane Mietton, Lucas Von Gastrow, Sonia Boudaoud
Propriétés émergentes des interactions microbiennes
A travers la construction de communautés microbiennes simplifiées modèles, nous cherchons à comprendre quelle est la nature des interactions levure/levure et levure/bactérie (compétition, mutualisme, commensalisme, amensalisme, …) et quelles sont les propriétés émergentes associées à l’assemblage des espèces et sa complexité. Cette thématique s’applique aux écosystèmes vin et pain. Projets : INRA ModOeno, MEM ENovFood
En termes d’objectifs finalisés, nos activités concernent les problématiques suivantes :
Meilleure maitrise des procédés fermentaires
Amélioration des souches de S. cerevisiae en œnologie
Construction de « starter » mixte en œnologie
Conservation des espèces microbiennes impliquées dans les produits fermentés et des savoir-faire associés
Approches utilisées :
Recherche de QTLs, xQTLs, eQTLs, fQTLs de caractères d’intérêts
Evolution expérimentale
Edition de génome
Génomique comparée, Génomique des populations et Méta-génomique
Génomique fonctionnelle
Modélisation métabolique et d’interaction écologique
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Evolutionary genetics and ecology of domesticated yeasts
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