La demande croissante de pratiques respectueuses de l'environnement a stimulé le développement des vins naturels, caractérisés par des fermentations spontanées du microbiote naturel du raisin et du chai, entraînant une qualité variable due à la diversité des microbiotes introduits. Le projet actuel vise à révéler les mécanismes de colonisation microbienne du raisin, à quantifier les échanges entre raisins et chai, et à établir des liens entre la composition du microbiote et la qualité du vin en identifiant les taxons microbiens clés.

Nul ne sait si la composition du microbiote des fruits résulte d'événements de colonisation endogène, ou bien d’apports par l’air ou des animaux comme les arthropodes. Parmi ceux-ci, les insectes volants tels guêpes et diptères se démarquent. Les Drosophiles (telles la mouche du vinaigre, Drosophila melanogaster) sont des candidats particuliers, car :

• elles circulent entre chai et vigne,
• elles partagent nombre de taxons microbiens avec le raisin,
• et elles sont impliquées dans des dégradations du raisin, et donc l’inoculation des moûts par des microorganismes indésirables.

Nous étudierons, comment les insectes, notamment les Drosophiles, vectorisent les membres du microbiote du raisin, au vignoble et avec le chai.

Sur le plan fondamental, ces travaux explorent un front de science méconnu : comprendre les dynamiques spatio-temporelles des microorganismes, et notamment inter-holobiontes. En effet, l’approche hôte-centrée de la majorité des études sur les microbiotes néglige l’écologie des microorganismes qui les composent en oubliant qu’ils ont souvent des cycles de vie reposant sur des hôtes de plusieurs espèces.

Le travail sera effectué entre l'unité SPO, et le Centre Biologique de Gestion des Populations (CBGP). Le projet de thèse fait partie du projet emblématique HOLOVINI du métaprogramme INRAE HOLOFLUX.

• Période : du 01/12/2023 au 30/11/2026
• Directeurs de thèse : Jean-Luc Legras (INRAE, UMR SPO) & Simon Fellous (INRAE, CGBP)
• Contact : paul.hubner@inrae.fr